1959年，邱会作担任解放军总后勤部部长，一干就是12年，是新中国任职最长的后勤部部长。这其中当然也有林彪的因素，但实话实说，邱会作在后勤部确实也做的非常好，“文革”初期，邱会作被红卫兵批斗，周恩来就站出来为他说话：“邱部长是我军历来最优秀的后勤部长，是最好的后勤部长。这不仅是我的看法，也是党中央、毛主席的看法！”

其实，邱会作与周恩来的渊源早在1935年就开始了。当年，红军要撤离江西，邱会作负责善后，把带不走的文件、机器都找了个地方埋了起来。但有一位领导为了保密，竟然想要把邱会作杀掉灭口，正在邱会作被押往刑场的时候，周恩来正好路过，就问怎么回事。

那个领导说了他的顾虑，周恩来说：“他还是个孩子，交给我吧。”

就这样，邱会作被周恩来从枪口下救了出来，也被邱会作记了一辈子。后来在长征中，周恩来病重，走不了路，正是邱会作一步一步把周恩来抬了出来。