蒋经国只好照办，五月二日，驻市内金神父路励志社，在此期间，蒋每天接见党政军要员在数十人以上，并召集黄埔学生训话：“成败在此一举，我们必须用全力来应付危难。”

五月七日，下午乘江静轮离沪往舟山群岛，经普陀，还特意带蒋经国登上普陀山，专访普济寺。面对寺内供奉的果如和尚塑像焚香祷拜。果如和尚是溪口雪窦寺主持，蒋母王太夫人皈依佛教，即拜其为师。蒋介石幼年亦常在果如和尚面前聆听教诲。蒋介石嘱咐普济寺主持将果如和尚的塑像、生前照片及遗墨好生保存，期望来年能再来祭拜。当时蒋很重视舟山群岛，舟山的任务是作为上海撤退的中间站。陈诚秉持蒋的意旨，坚持加强舟山防御工事。

五月十七日，蒋与经国搭飞机从定海到马公，其后蒋于十九日到闽省见朱一民（绍良），事后本拟再飞上海，但因飞机机件及其他考虑，转往嘉义短暂停留，再回澎湖。二十二日，陈诚、俞鸿钧、蒋鼎文到马公与蒋会晤；

二十六日，蒋自马公飞台湾冈山转高雄寿山，据说当时之所以不直飞台北，可能是安全上的考虑；六月二十一日，蒋从高雄到达桃园转至大溪，其后至台北草山（阳明山），在这段期间除应邀至菲律宾及韩国访问外，先后进出大陆，其中以重庆及广州二市停留的时间较久，离乡到台湾后到一九四九年底，蒋又多次进出两岸。

蒋个人何时决定迁台？其决定迁台的原因为何？是值得重视的课题。

首先要说明的是，蒋决定迁台湾虽不是仓促决定，也不是下野前就已经确定，台湾是蒋下野后安排退路的选择之一，但不是唯一的选择，我们可以从几个线索做说明：其一，从首都及中心的说法，南京是国民政府成立的首都，抗战期间首都暂迁重庆，抗战结束后，还都南京，国共战事紧急之际，曾有人再提迁都之事，蒋都不予响应，并且认为没必要因为战事紧急就迁都。