副国务卿鲍尔斯认为，美国“在亚洲面临的核心问题就是共产主义中国的存在。”美国必须促使印度认识到，在对付这一危险时美国力量是有限的，因此印度必须采取主动行动以保证亚洲的安全。8月，鲍尔斯访问印度。他在同尼赫鲁的会谈中就印度支那问题、柏林危机、刚果危机及中国问题广泛交换了意见，鲍尔斯说，中国会在东南亚和南亚进行军事扩张，并暗示美国可能以军事力量解决东南亚问题。鲍尔斯还试探印度对于组织一个针对中国的“亚洲力量平衡关系”的态度。

经过一番摸底，肯尼迪政府为南亚政策的调整定下了方向：美国将在一定程度上容忍印度的不结盟立场，以此换取印度加强亲美的方向，促使印度成为美国遏制中国的战略伙伴。美国还决心大规模地增加对印援助，防止印度在经济上进一步依靠苏联。此外，美国还希望印度能在其他国际问题上与西方配合，支持美国的立场。总之，在肯尼迪政府的全球战略中，印度已经具有一种“特殊的突出地位。”

肯尼迪政府还准备调整对巴基斯坦的政策。它认为“阿尤布汗总统的对外政策很可能是在亲西方的框架中寻求更大的独立性。”因此，美国将不再增加对巴的经济和军事援助，以防印巴两国进一步陷于军备竞赛，“毁掉美国的援助计划。”新政府打算拉开与巴基斯坦的距离，使今后的对印政策少受巴基斯坦的牵制。

1961年4月，国务院提议支持，为支持印度的第三个五年计划，今后两年美国通过多国银行团向印度提供10亿美元援助。6月，多国银行团宣布，两年内将向印度提供总计为20亿美元的援助。美国还承诺5年内向印度提供13亿美元的剩余食品援助。1962年初，美国又决定向印度提供500万美元的发展援助。

尽管美国的巨额援助得到印方的高度评价，但美印的蜜月期并不长。1961年11月，尼赫鲁再次访问美国。肯尼迪原本对这次访问寄予很大希望，他认为自己能与尼赫鲁建立密切的私人信任关系。但他在会谈中却发现，美印双方在解决发展中国家贫穷的迫切性、共产主义影响扩大的意义、克什米尔等问题上有很深的分歧。此外，印度在越南和东南亚问题上也不愿追随美国的方针。肯尼迪后来失望地说，与尼赫鲁的会谈是“他遇到过的最糟糕的国事访问”。

一个月后，印度不顾美国的一再阻拦，使用武力夺取了葡萄牙控制下的果阿地区。美国指责印度以武力解决国际问题，美国驻联合国大使史蒂文森发表讲话谴责印度说：联合国不能饶恕在这一事例上使用武力，因为这会为在其他冲突中使用武力铺平道路。肯尼迪也嘲讽说，印度“15年一直进行道德说教……现在说教者在走出妓院时却被逮个正着”。这一时期肯尼迪政府还希望调解印巴冲突，但是尼赫鲁拒绝了美国的建议。美印两国的种种分歧表明，除了反华，他们在国际事务中的共同点非常有限。