杨秀清反对这一政策，在1854年2月以天父下凡方式肯定四书、十三经及其他古书的价值。洪秀全遂下诏删改四书等儒家典籍，宣布删改后准人民阅读。

但此事迄未完成，终太平天国之世并未出版改定后的四书、五经，洪秀全本人对古人古书的严厉态度也没有改变。与此同时，洪秀全还提倡文以记实，反对浮文典故。

1856年9月，太平天国发生内乱。主要问题发生在杨秀清同洪秀全和其他高级领袖之间。洪秀全虽是天王，但杨秀清掌握了军政实权；并常以天父代言人之名，超越洪秀全之上。韦昌辉在洪秀全的默许下（一说系奉洪秀全之命）杀杨秀清；又扩大事态，滥杀杨秀清部属多人。洪秀全在石达开起兵威胁下，杀韦昌辉，以石达开主政。

但旋又对石达开心存疑忌，多方牵制，致石达开于次年带兵出走，与洪秀全分裂。此次内讧，极大地打击了太平天国，损伤了实力。1858年，洪秀全重建领导核心，提拔后起的陈玉成、李秀成、李世贤等为方面军统帅，自己兼任军师。但鉴于杨、韦、石事件，家天下思想加重，多任用年幼无知或才干不足的兄弟子侄，使领导机构的能力大为降低。

1859年，任命新到天京的族弟洪仁玕为“精忠军师干王”，居于首辅地位。洪仁玕颇具政治资才，但与太平天国渊源较浅，引起宿将不服。洪秀全遂普遍加官晋爵，以团结人心，虽收到暂时效果，但却导致了各将领踞地自雄的局面。

洪秀全在太平天国中致力宗教甚于实际政务，即使在后期亲掌大权时亦如此。太平天国内乱后，军民产生失望和离心倾向。因此他更进一步沉溺和求助于宗教，亲自反复宣传天父天兄与其父子为“父子公孙”三代，其父子受天父天兄安排坐江山，因而是神圣不可动摇的。