在不少宏观问题上，他的思想和毛泽东是有差别甚至是有重大差别的，而且即便是执行决策，也不是一个简单机械的推演过程。周恩来多次说过，毛泽东是搞战略的，他只能搞点战术，当助手是否当得好，还没有把握。这虽然是自谦之词，但也说明了一个事实，即实施政策的过程是一个与实际相结合的过程，因而也需要讲求方式、方法和策略，有时还要加以必要的修正。

周恩来许多重要的理论创见恰恰是在执行政策过程中产生的，这方面的事例不胜枚举。最有代表性的是新中国的文艺政策。众所周知，新中国成立后，文艺政策是以毛泽东在延安文艺座谈会上的讲话为基本依据的。但由于时空的转换，这个讲话的不少内容并不完全适应变化了的现实。周恩来正是在执行政策的过程中，不断总结实践经验，在新的历史制高点上推进了毛泽东的文艺思想。

毛泽东的思想自成体系，这是公认的事实，至于周恩来的思想是否是一个体系，这里不作妄断，但周恩来在长期的革命和建设过程中，对政治、经济、文化、军事、外交诸领域的问题进行过深湛的思考，却无人可以否定。

周恩来知识结构上的均衡，在国内外的政治家中都是罕见的。毛泽东的思想与周恩来的思想在不同的主题、不同的领域、不同的层次等问题上构成十分复杂的对比关系，只有进行扎实的比较研究，才有助于进一步认识他们的政治性格和理论贡献，以及他们的一致与分歧对中国历史进程的重大影响。

首先，从不同的主题来比较。毛泽东一生主要的理论创造是在民主革命时期。他对中国国情的熟悉和对人民大众需要的敏锐直觉，使他实现了马克思主义与中国革命实际的成功结合，圆满地解决了什么是新民主主义革命，怎样进行新民主主义革命这一重大历史课题。在怎样推翻一个旧世界的问题上，无人比他更有办法。新中国成立后，毛泽东也有若干重要的理论创造，其中在探索社会主义建设道路中所取得的正确认识，后来被有机地融汇到邓小平理论之中。